Como respuesta a las transformaciones sufridas por el país, hacia finales de la década de los 80 el sector autotransporte inició gestiones para dar luz a la Cámara Nacional del Autotransporte de Carga (Canacar). El 8 de junio de 1989 en una Asamblea General Extraordinaria, los autotransportistas del sector de carga regular, acuerdan emprender las acciones necesarias para la formación de la Canacar y concertar con las autoridades correspondientes el Programa para la Modernización del Autotransporte de Carga. De ese modo, el 6 de julio de ese año se suscribe el Convenio de Concertación de Acciones para la Modernización Integral del Autotransporte Federal de Carga.
El 25 de septiembre de 1989 concluye el proceso de creación de Canacar, que obtiene su registro ante la Secretaría de Comercio y Fomento Industrial, cuya autorización se publica en el Diario Oficial de la Federación del 29 de septiembre de ese mismo año. Se inicia así la disolución de la Cámara Nacional de Transportes y Comunicaciones, cuya liquidación se publica el 23 de octubre del año indicado.
Canacar fue la respuesta de los transportistas de carga para enfrentar organizadamente la política de desregulación del servicio y evitar la dispersión y atomización del sector.
Inicia un largo proceso de modernización, normalización y reordenamiento del sector. Desde su constitución, la Cámara ha transitado por un periodo fundamental de la historia reciente de México. Ha sido testigo y actor privilegiado de los cambios políticos y económicos que ha experimentado el país.
Este 2014 la Cámara Nacional del Autotransporte de Carga conmemora un cuarto de siglo de vida institucional. «Es la oportunidad de rememorar el momento en que, con gran entusiasmo, recogimos la estafeta, la tradición y el testimonio de la antigua Cámara Nacional de Transportes y Comunicaciones. Es la ocasión para celebrar y sentir orgullo por 25 años de lucha, compromiso y avances en la representación y defensa de un sector económico estratégico y vital para México: el transporte», son las palabras que figuran para esta conmemorable fecha.
Una exposición fotográfica que relata visualmente el paso de estas dos décadas y media es parte de los festejos, dicha muestra reúne más de 150 fotografías que permiten desentrañar contextos y personajes principales de la Cámara. Además se presentó el libro conmemorativo «Canacar… 25 Años de Compromiso con México», cuyo contenido está integrado por una compilación de los temas más importantes del sector, analizados desde la perspectiva de importantes colaboradores y especialistas, además de una retrospectiva gráfica de la institución gremial.
«Son 25 años de muchos logros, trabajo y esfuerzo de parte de directivos y del personal, pero sobre todo de mucha colaboración de todos los asociados, la Canacar es una institución formada por socios y amigos, somos parte de la única institución legalmente reconocida como interlocutora ante el gobierno federal, estatal y municipal.
Estoy convencido de que los avances que ha tenido el autotransporte del país se debe al trabajo de todos los que formamos parte de Canacar y los beneficios se han extendido a todos, no sólo a los socios sino a todo el país, porque esa es nuestra labor: trabajar para todos porque es ocuparse de México, no queremos que haya gente desprotegida, buscamos que todos los transportistas estén protegidos pero también que todos trabajemos en la legalidad.
Yo le auguro a Canacar un muy buen futuro que se dará de la mano de los siguientes dirigentes que, como en el caso de Roberto Díaz, busquen ser mediadores y conciliadores, pues Canacar depende mucho de la juventud, de los buenos propósitos, del trabajo pero sobre todo de la unión y del futuro que se quiera para 
México». León A. Flores González, Presidente Nacional de Canacar Periodo 2003- 2005 y Consejero General Vitalicio de la Cámara.
Ex Presidentes de Canacar
Periodo 1989-1994 Francisco Dávila Rodríguez
Periodo 1994 -1999 Bernardo Lijtszain Bimstein.
Periodo 1999-2001 Miguel Quintanilla Rebollar
Periodo 2001-2003 Manuel Gómez García (+)
Periodo 2003- 2005 León A. Flores González
Periodo 2005 -2008 Tirso Martínez Angheben
Periodo 2008-2009 Jorge Cárdenas Romo
Periodo 2009-2012 Juan Carlos Muñoz Márquez
El 8 de junio de 1989 en una Asamblea General Extraordinaria, los autotransportistas del sector de carga regular, acuerdan emprender las acciones necesarias para la formación de la Canacar.
